La Canción Verde trata sobre Pepe, un coquí puertorriqueño, que en su curiosidad por conocer el mundo decide viajar. Esta curiosidad se la fomentan sus amigos del cañaveral (lugar donde vive Pepe): Juan y Rafael. Estos le plantean a Pepe que existen más colores que el verde y si él viaja a Nueva York puede ver más colores.
Pepe decide ir a comprar su boleto en el aeropuerto y es aquí donde enfrenta ciertas dificultades como el tamaño del asiento y el precio del boleto. A pesar de esto, consigue que la aerolínea le haga un asiento de acuerdo a su tamaño:una pulgada, y el boleto se lo cobran como su tamaño.
A la hora de partir, Pepe comenzó con su Trabajo Verde y tuvieron que esperar a que éste terminara para que pudiera partir. En el avión conoce a Alberto que es un poeta puertorriqueño. Al llegar a Nueva York, estaban esperando a Alberto y Pepe se fue con él. Ambos llegan a la festividad del Día de la Isla donde reconocerían a Alberto entregándole la llave de la cuidad. Tanto fue el tumulto de personas que Alberto desapareció entre la muchedumbre y Pepe se quedó con la llave.
Pepe se encontraba solo en la ciudad de Nueva York y es ahí donde conoce a Jack, un estudioso de las ranas. Maravillado de ver un coquí fuera de su hábitat que se le acerca y decide llevarlo consigo hasta Union Square. Otra vez solo y con la tristeza de su canto, Pepe intenta hacer su Trabajo Verde en medio de la vía. Las personas, molestas por la congestión de tráfico que provocaba, comenzaron a tocar las bocinas y a gritar para que se saliera del camino. Mac, el policía, lo recoge y lo lleva a un especialista porque lo ve enfermo. Cuando Pepe despierta, se encuentra en una jaula en el zoológico del Parque Central. ¡Qué sorpresa entre barrotes! Conoce a Leo, el león; Nanook, el oso polar; Juanita Perkins, la niña con quien puede hablar; Rodolfo, el ratón de las noticias y Cirilo, el ave.
Alberto logra encontrar a Pepe gracias a la noticia que apareció en los diarios donde indicaban que una nueva especie había llegado al zoológico. Pepe y Alberto se emocionan de encontrarse el uno con el otro y deciden aceptar la invitación de Cirilo de ir a su hogar en el Parque Central. Pepe agradece a todos en su discurso por ayudarlo a salir de aquella verja insoportable.
Pepe tenía una gran preocupación con la Canción Verde porque creía que había provocado un boquete en ella. Por tal razón, él decide regresar con Alberto a la Isla.
Al llegar, había muchas personas esperando la a Alberto en el aeropuerto, ya que éste había recibido la llave de la ciudad de Nueva York. Luego, él acompaña a Pepe al cañaveral. En el camino, Pepe comienza a cantar y se siente feliz al escuchar a sus hermanos los coquíes cantar la Canción Verde junto con él, ya que pensaba que el boquete había desaparecido.
